Thời Nhà Lý, Nhà Trần, vùng này được gọi là xứ Thanh Khê[3] thuộc Nam Ô châu, là vùng đất tranh giành ảnh hưởng qua lại giữa Chiêm và Việt trong thời gian nầy. Tuy nhiên, trong hầu hết thời gian, vùng này vẫn thuộc phạm vi kiểm soát của Chiêm Thành.
Thời Nhà Hồ, Đại Việt từng tiến đánh Chiêm 2 lần, buộc Chiêm dâng đất Chiêm động (trong đó có cả vùng Thanh Khê), Tư Nghĩa để cầu hòa. Sau khi Nhà Minh Trung Quốc diệt Nhà Hồ, đô hộ đất Việt, về danh nghĩa kiểm soát vùng này, nhưng trên thực tế buông lỏng quản lý do quá xa phạm vi thế lực.
Thời nhà Hậu Lê, vào năm 1471, Đại Việt tấn công và đẩy lùi vương quốc Chiêm Thành qua khỏi khu vực đèo Cù Mông. Xứ Thanh Khê được đặt thuộc huyện Hòa Vang, phủ Điện Bàn, đạo thừa tuyên Quảng Nam, nằm trong bản đồ Đại Việt.
Thời Nhà Nguyễn, năm 1806, Gia Long chia đất nước thành 23 trấn và 4 doanh thuộc đất kinh kỳ. Vùng này trở thành xã Thanh Khê thuộc huyện Hòa Vang, phủ Điện Bàn, Quảng Nam doanh. Năm 1831, Minh Mạng đổi Quảng Nam doanh thành tỉnh Quảng Nam.
Năm 1888, thời Đồng Khánh, Đà Nẵng bị tách khỏi Quảng Nam để trở thành đất nhượng địa của Pháp. Xã Thanh Khê trở thành khu Thanh Khê thuộc Tourane.
Từ năm 1954 đến ngày 6 tháng 1 năm 1973, được gọi là khu phố Thanh Khê trực thuộc khu Đà Nẵng.
Từ năm 1973 đến tháng 2 năm 1976, là khu phố Thanh Khê thuộc phường Thanh Lộc Đán, quận II, thành phố Đà Nẵng.
